Los órganos mediante los que Anove actúa son:
LA ASAMBLEA: Formada por todos los socios, es el órgano de gobierno en que se discuten y deciden las cuestiones propias de la actividad de la Asociación.

EL PRESIDENTE,
VICEPRESIDENTE-TESORERO Y LA JUNTA DIRECTIVA:
Elegidos de entre los propios socios por la Asamblea, ostentan la representación de la Agrupación y proponen su estrategia y líneas de actuación.

LAS SECCIONES DE TRABAJO: Establecidas por cultivos y áreas de actividad, permiten la discusión de problemas específicos de cada sector y la definición de estrategias.

Cultivos Hortícolas
Cultivos Extensivos (híbridos, industriales, cereales, forrajeras y céspedes)
Cultivos Frutales
Sección de Biotecnología
GUIA 2011. Cultivo Maiz Bt
Manifiesto 2010 a favor de la Biotecnología
Video La Variedad Es Vida
1er Informe de Indicadores de Sostenibilidad
LOS COMITÉS HORIZONTALES: Constituidos por representantes de todas las secciones de trabajo, tienen por objeto el análisis y discusión de los problemas más importantes que actualmente tiene planteado el sector obtentor en España:

Propiedad Intelectual
Registros y Regulación
Tratamientos Fitosanitarios

LA SECRETARÍA GENERAL: asume profesionalmente la dirección y gestión efectiva de la Asociación, y ejecuta los acuerdos adoptados por la Asamblea de Socios, la Junta Directiva, las Secciones de Trabajo y Comités Horizontales.
LOS DEPARTAMENTOS LEGAL, TÉCNICO Y ADMINISTRATIVO: en coordinación con GESLIVE (agrupación de obtentores para la defensa de sus derechos de propiedad intelectual), están integrados por profesionales titulados que asumen la prestación de los servicios técnicos, jurídicos y administrativos requeridos por los socios de Anove.